Ordliste
Aminosyresekvens, definisjon
Aminosyresekvensen er rekkefølgen av aminosyrer i et peptid. Sekvensen bestemmer hvordan peptidet folder seg, og dermed dets tredimensjonale struktur og biologiske funksjon.
Hvorfor dette begrepet er viktig
Selv små endringer i sekvensen kan endre et peptids virkning betydelig. Flere kjente peptider er avledet fra fragmenter av større, naturlige molekyler – Semax stammer for eksempel fra en del av hormonet ACTH. Sekvensen er også utgangspunktet når forskere designer analoger med forbedrede egenskaper.
Hvordan sekvenser skrives
Sekvenser skrives fra den ene enden av kjeden (N-terminalen) til den andre (C-terminalen), enten med trebokstavskoder eller enbokstavskoder. Epitalon skrives Ala-Glu-Asp-Gly eller AEDG, og kobberpeptidet GHK-Cu har fått navnet sitt fra sekvensen Gly-His-Lys. Pinealon er tripeptidet Glu-Asp-Arg.
To peptider kan ha nøyaktig de samme aminosyrene i ulik rekkefølge og likevel oppføre seg helt forskjellig. Sammensetningen alene sier derfor lite; det er rekkefølgen som teller.
Fragmenter og tilpassede sekvenser
Mange peptider er avledet fra deler av større molekyler. Semax består av et kort ACTH-fragment med tre ekstra aminosyrer (Pro-Gly-Pro) i enden, og Selank er bygget på samme måte fra peptidet tuftsin. TB-500 er basert på et kort, aktivt område av proteinet tymosin beta-4, og sermorelin er de første 29 aminosyrene i GHRH.
Et fragment beholder ikke nødvendigvis alle egenskapene til det opprinnelige molekylet. Påstander om at et kort fragment «virker som» et større hormon må derfor underbygges med egne studier.
Like navn, ulike stoffer
Forkortelser kan skjule viktige forskjeller i sekvens og modifikasjoner. CJC-1295 finnes for eksempel både med og uten DAC, og de to variantene har svært ulik virketid. Når man leser studier eller produktbeskrivelser, må man derfor sjekke nøyaktig hvilken sekvens og hvilken modifikasjon som er brukt før resultater sammenlignes.
Ofte stilte spørsmål
Hvordan kontrolleres det at et peptid har riktig sekvens?
Massespektrometri brukes til å bekrefte molekylvekt og ofte sekvens, mens væskekromatografi (HPLC) måler renhet. For legemidler er dette en del av den lovpålagte kvalitetskontrollen.
Kan en enkelt endret aminosyre ha stor betydning?
Ja. Ett bytte kan endre hvor raskt peptidet brytes ned, hvor sterkt det binder seg til reseptoren, eller om det binder seg i det hele tatt. Semaglutid og naturlig GLP-1 skiller seg for eksempel med bare noen få endringer.
Hva betyr N-terminal og C-terminal?
Et peptid har to ulike ender. N-terminalen har en fri aminogruppe og C-terminalen en fri karboksylgruppe. Mange syntetiske peptider er endret i endene, for eksempel med en amidgruppe, for å gjøre dem mer stabile.